Okulumuz 2012 yılında Çan Anadolu İmam Hatip Lisesi bünyesinde (Bünyede İHO) Çan İmam Hatip Ortaokulu olarak eğitim-öğretime başlamıştır.

02/04/2018 tarih ve 6724105 sayılı Valilik oluru ve 24/04/2018 tarih ve 8135050 sayılı Din Öğretimi Genel Müdürlüğünün yazıları ile Çan Anadolu İmam Hatip Lisesinden bünyesinden ayrılarak  Çanakkale İl Özel İdare tarafından yaptırılan 16 derslikli yeni binasına taşınmış o tarihten bu yana kendi yeni bınasında kendi kimliğiyle eğitim öğretim  faaliyetine devam etmektedir. Okulumuzun adı Çan İmam Hatip Ortaokulu iken Diyarbakır Bismil- Bolümlü Köyünde  PKK terör örgütü tarafından şehit edilen öğretmen Emin AYDIN'ın ailesinin müracaatı İl Milli Eğitim Müdürlüğü Ad Verme Komısyonunun 13/03/2018 tarih ve 5258537 sayılı kararları ile Emin AYDIN'in adı verilmiş, Çan Şehit Emin Aydın İmam Hatip Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.

Açıldığı tarihten itibaren okulumuzda aynı zamanda kurucu müdür olan  Şaban DUR ve  İbrahim BAL müdürlük görevini yapmışlardır.Okul Müdürlüğü görevini halen Zekiye ARI yürütmektedir.